W latach 1884 - 1896 odbył kurs kadetów w Szkole Kadetów im. Cesarza Mikołaja I w Petersburgu.  W latach 1886 - 1888 studiował nauki wojskowe w szkole Wielkiego Księcia Konstantego w Petersburgu, które ukończył z odznaczeniem i awansem na podporucznika 140 pułku Piechoty Liniowej w Kastroniu. Po trzech latach awansował na stopień porucznika. W maju 1896 roku zostaje przeniesiony do 11 pułku grenadierów w Jarosławiu.

   W latach 1899 - 1902 studiuje w Akademii Sztabu Generalnego w Petersburgu.  Podczas studiów - 12 września 1900 roku  awansuje na stopień podkapitana, a w maju 1901 roku na stopień kapitana. Akademię Sztabu Generalnego ukończył 28 maja 1902 roku z drugą lokatą i wyróżnieniem. Potem odbywał dwuletni staż w sztabie Moskiewskiego Okręgu Wojskowego, w XVIII Korpusie i w 11 pułku Grenadierów jako dowódca kompanii. Na początku stycznia 1904 roku zostaje przeniesiony do działu operacyjnego I Korpusu Syberyjskiego, w Liaojang.  Podczas kampanii japońskiej - 6 grudnia 1904 roku - awansuje na podpułkownika.

   Po wojnie z Japonią, pod koniec 1905 roku ożenił się z Agnieszką, z Korsońskich, córką Mikołaja - profesora liceum,z Jarosławia. W październiku 1906 roku, na własną prośbę, przeniesiono go do Irkuckiego Okręgu Wojskowego.  Przybył tu z żoną i trzymiesięcznym synem Gedyminem urodzonym 4 lipca 1906 roku.
   Wczesną wiosną 1908 roku, znów na skutek prośby o przeniesienie, przydzielono go do X Korpusu w Charkowie,
w Kijowskim Okręgu Wojskowym. Tu 22 kwietnia 1908 roku urodziła się córka Janina. Tutaj 6 grudnia 1908 roku otrzymał nominację na stopień pułkownika. W Charkowie odbył dodatkowe przeszkolenie na stanowisko dowódcy batalionu piechoty oraz kawalerii i artylerii.
  W listopadzie 1910 roku otrzymał nominację na szefa sztabu 9 Dywizji Piechoty w Łucku, Dubinie i Krzemieńcu.
Pod koniec kwietnia 1912 roku Dowbor przenosi się wraz z rodziną do Woroneża, gdzie został szefem l Dywizji Piechoty.
W 1914 roku dokonuje spisu koni w guberni kijowskiej. Przyspieszyłoto mobilizację na I wojnę światową, za co otrzymuje Krzyż Świętego Włodzimierza III stopnia.  W dniach 24 - 27 sierpnia 1914 roku kierując ogniem artylerii 7 Dywizji rozgromił korpus austriacki generała Wittmanna, za co został odznaczony Orderem Świętego Jerzego. W dwa dni później rozbił 15 dywizję piechoty austriackiej, za co otrzymuje nagrodę „ Złotą Szablę".
  W dalszej walce z Niemcami rozbił II niemiecki korpus gwardii. W bitwie pod Łodzią rozgromił brygadę pruskiego
gen. Paczeńskiego. Dnia 19 września 1914 roku urodził się syn Olgierd. 7 listopada 1914 roku Dowbor został mianowany dowódcą 14 Pułku Strzelców Syberyjskich. Walcząc z Niemcami w bitwie pod wsią Podosie nad rzeką Orzyc zostaje ciężko ranny i odwieziony na leczenie do Moskwy. Działo się to w lutym 1915 roku. I tu za odważne natarcie Dowbor został przez Anglików odznaczony Orderem Łaźni. 15 sierpnia 1915 roku otrzymał stopień jenerała podporucznika, z jednoczesnym odkomenderowaniem na stanowisko do szczególny zleceń przy dowództwie I Armii.
 

  W styczniu 1916 roku polecono mu zorganizowanie 123 Dywizji Piechoty, z którą w maju wyruszył drogą morską do Azji Mniejszej. Tam w kilku walkach pokonał Turków. Po 10-miesięcznym pobycie Dowbor poprosił o przeniesienie na front europejski i otrzymał dowództwo 38 Dywizji Piechoty i z nią został skierowany na front w okolic Rygi. Tu Niemcy użyli gazu i Generał zatruł się, i 2 dni był nieprzytomny.

    5 maja 1917 roku zostaje mianowany na jenerała porucznika i obejmuje dowództwo 38 Korpusu Armii Rosyjskiej, a w lipcu odnosi zwycięstwo nad Niemcami pod Krewo.  23 sierpnia 1917 roku został mianowany organizatorem
 i dowódcą I Polskiego Korpusu na Białorusi ( więcei o I Korpusie Polskim w Rosji ).
Od początku do końca położenie Korpusu zawsze było bardzo ciężkie. Nie skończywszy formowania korpusu 11 stycznia 1918 roku, broniąc polską ludność cywilną i niezależność polskich żoł­nierzy, wypowiedział wojnę bolszewikom. Był to akt samoobrony.
 Niemcy również nie akceptowali l Polskiego Korpusu. Po wielu negocjacjach z nimi, Dowbor zmuszony do rozwiązania swojego korpusu, wybrał jego demobilizację. W dniu 22 maja 1918 roku, kończąc ostatnie przemówienie do swoich żołnierzy, powiedział do zobaczenia w kraju. Po rozwiązaniu Korpusu Generał wraz z rodziną i gronem najbliższych oficerów powrócił do kraju. Przybył do Sandomierza, witany chlebem i solą przez mieszkańców miasta. Tu początkowo wraz z rodziną zamieszkał u mecenasa Przyłęskiego,  a następnie w domu lekarza powiatowego. Potem zamieszkał w pałacyku księcia Michała Radziwiłła,
w Staszowie,  utrzymując kontakty ze swoimi podwładnymi zamieszkałymi w różnych stronach kraju.

13 listopada 1918 roku Dowbora zaprosił Józef Piłsudski, ale wtedy jeszcze nie powierza mu żadnego stanowiska w wojsku. Ponownie zaproszo­ny otrzymał ustną propozycję objęcia dowództwa nad Powstaniem Wielkopolskim. Kolejny raz wezwany do Belwederu 8 stycznia 1919 roku został on przez Piłsudskiego mianowany Dowódca Powstania Wielkopolskiego. Następnego dnia udaje się do Poznania na dwudniowe rozmowy z Naczelną Radą Ludową. Po uzgodnieniach 11 stycznia Dowbor zdecydował się dowodzić powstaniem.
O swojej decyzji 14 stycznia zameldował Piłsudskiemu. ( więcej o powstaniu )
  15 stycznia wraca do Poznania i w następnym dniu obejmuje dowództwo nad Powstaniem Wielkopolskim. Natychmiast przystąpił do organi­zowania Dowództwa Głównego powstania Wielkopolskiego. Równocześnie przystąpił do formowania Armii Wielkopolskiej. W ciągu trzech miesięcy powołano pod broń 11 roczników i utworzył on najliczniejszą, najlepiej wyszkoloną i uzbrojoną, jednolicie umundurowaną siłę zbrojną na ziemiach polskich w 1919 roku. Jako naczelny dowódca Powstania Wielkopolskiego,  doprowadził je do ostatecznego zwycięstwa i tym samym przyczynił się do wytyczenia ówczesnych zachodnich granic Polski.  Oddziały Armii Wielkopolskiej walczyły także w obronie wschodniej granicy Polski i w tzw. Bitwie Warszawskiej oraz w powstaniu Śląskim.   19 marca 1919 roku Naczelna Rada Ludowa w Poznaniu awansuje Dowbora na generała broni.

 Dowbor sformował także na Pomorzu dywizję piechoty z artylerią i pułk ułanów.  Zjednoczenie Armii Wielkopolskiej z Wojskiem Polskim oficjalnie odbyło się 25 - 27 października 1919 roku. Wobec powyższego do połowy listopada Dowbor ze swym szefem likwidowali Dowództwo Armii Wielkopolskiej, organizując jednocześnie Dowództwo Frontu Wielkopolskiego. W ostatnim rozkazie nr 249, 13 listopada 1919 roku Dowbor pożegnał się z Armią Wielkopolską.
Do połowy stycznia 1920 roku przeprowadzono reorganizację wojsk i do 20 marca 1920 roku sprawnie przeprowadzono rewindykację ziem przyznanych Polsce na mocy traktatu wersalskiego. W tym dniu została rozwiązana działalność Dowództwa Frontu Wielkopolskiego pod dowództwem Dowbora. Wobec takiej sytuacji Generał powołał Biuro Likwidacyjne, którego sekretarzem został Teofil Motyliński. Biuro działało do lutego 1921 roku. W tym czasie między innymi Motyliński zarządzał kontami Generała: Wojsko Polskie, Fundusz Wdów i Sierot, Modlitewnik Żołnierza oraz katalogował bibliotekę i porządkował dokumentację I Polskiego Korpusu i Armii Wielkopolskiej. 
   W czerwcu 1920 roku czasopismo „Rzeczpospolita" powierzyło Dowborowi redagowanie działu wojskowego. Korzystając z tej możliwości opublikował on cykl artykułów na temat wojska i wojskowości, i skrytykował sposób prowadzenia działań wojennych na froncie wschodnim. Jednocześnie podaje sposoby rozwiązania tych niepowodzeń. W tym czasie armia Polska znajdowała się w chaotycznym odwecie i groziło zajęcie Warszawy przez Armię Czerwoną.
Wezwany 6 sierpnia 1920 roku na rozmowy do Piłsudskiego, Dowbor nie wyraża zgody na objęcie Dowództwa frontu Południowo - Wschodniego, którym dowodził Generał Iwaszkiewicz, twierdząc, że Iwaszkiewicz jest bardzo dobrym dowódcą.
    6 października 1920 roku, na własny wniosek, zostaje przeniesiony do rezerwy, a 14 września 1921 roku w stan spoczynku,przyznając mu skromną emeryturę za lata służby w armii rosyjskiej.  Odsunięty od wojska zajął się prowadzeniem swojego majątku i wychowywaniem dzieci.  Jeszcze w Bobrujsku postanowiono rokrocznie 11 marca spotykać się w Warszawie, by uczcić poległych i utrzymać więzi koleżeńskie. 
 Dopiero na początku 1925 roku utworzono Stowarzyszenie Dowborczyków  „Ku Chwale Ojczyzny" i dożywotnim honorowym prezesem Centralnego Zarządu był Generał Józef Dowbor - Muśnicki.
   Podczas zamachu majowego w 1926 roku, 13 maja, w Poznaniu utworzył się Komitet Porozumiewawczy Organizacji Wojskowo Wychowawczych w celu organizowania pomocy legalnemu rządowi. Entuzjastycznie wybrany przez Wielkopolan Dowbor stanął na czele tego komitetu. W tym dniu w Poznaniu odbyła się ogromna manifestacja przeciwko Piłsudskiemu.
W 10 rocznicę Powstania Wielkopolskiego wręczono Dowborowi Odznakę, jako zasłużonemu dla Powstania Wielkopolskiego. Było to jedyne odznaczenie, jakim wyróżniono Dowbora w Odrodzonej Polsce.